Les classes Flexibles utilisent une pédagogie en "atelier", ce qui permet aux élèves d'avancer à leur rythme et avec le choix de la matière (tout en suivant le programme de l'enseignement catholique spécialisé). Chaque cours correspondant à une couleur, le jeune peut se diriger vers l'activité qui l'attire le plus selon les recommandation du professeur. 

Le matériel adapté comprend des coussins d'équilibre, balle d'assise, écran de concentration, panneaux journaliers, pictogrammes, etc.